ぬし予告後PTを分割して戦闘したのですがぬしと戦えていません。
特異挙動なので何とも言えませんが、もうぬしとは会えない（イベントフラグは消滅している）のでしょうか。
よろしくお願いします。

確認しました。
確かに、パーティ分割で、別れた側のボスが消えているようです。

ボスを倒してないので、マップクリアにもなってない。
戦闘後の移動もしない。ということみたいです。

その場でもう一度戦闘すれば、一応ボスが出現するはずです。
進行が一周遅れてしまいますが、申し訳ないです。

了解です、ありがとうございました。